鄂爾多斯市蒙醫醫院(蒙醫研究所)成立于1979年。它的建立結束了伊盟蒙醫藥事業的馬背生涯。建所至今,經過30年的不懈努力和艱苦探索,走出了一條從無到有、從小到大、由弱到強、不斷發展的路子。特別是近年來作為一所民族科研醫療機構,在黨的一系列衛生方針和民族醫藥政策的指引下,在黨和政府的大力扶持和關懷下,通過幾代蒙醫人的不懈努力和堅苦探索,面對現代醫學技術的新形式,通過進一步深化改革,開拓創新,大力推進民族醫藥學的繼承和發展,充分發揮民族醫藥特色和優勢,從而促進了蒙醫藥事業的發展。目前,蒙醫醫院已發展成為我市規模最大,設備較全,人才齊備,特色濃郁,功能齊全的一所民族科研醫療機構(事業單位),是我市的蒙醫醫療、科研、教學、制劑為一體的研究發展中心。

蒙醫醫院現有職工 275人,院領導5人;專業技術人員217人;離退休人員53名。全院正高級職稱19人,副高級職稱37人,碩士生導師5人,碩士學位10人,博士學位2人,蒙醫藥專業技術人才梯隊建設初現成效,除醫療工作之外,還承擔著全市蒙醫教學、科研及蒙醫執業醫師實踐技能考試、職稱評定等任務。